Molecular Docking in red spinach plants (Amaranthus tricolor L.) as an inhibitory agent for genetic anemia
##plugins.themes.academic_pro.article.main##
Abstract
This study aims to evaluate the potential of active compounds from the Red Spinach plant (Amaranthus tricolor L.) as an inhibitor agent for the genetic disease anemia through a molecular docking approach. The method used involved analyzing the 3D structures of four active compounds Phenol, Lutein, Quercetin, and Zeaxanthin in these plants, which were downloaded from PubChem and processed using the Swiss software Target Prediction, Super Prediction, PyMol, and PyRx. The interaction between the compound and the biological target, in this case, Erythropoietin, is evaluated to determine binding energy, binding affinity, and stability. The results showed that Phenol and Quercetin had a significant interaction with the lowest binding energy of -4.8 kcal/mol and -8.1 kcal/mol respectively, as well as the lowest RMSD value (0 Å), indicating good interaction stability with the protein target. The 3D molecular structure of these two compounds also indicates the presence of hydrogen bonds and effective interactions with amino acids, as well as low toxicity and favorable affinity energies. Based on these results, Phenol and Quercetin were identified as potential candidates in the development of drugs to treat anemia genetic diseases, thanks to their favorable interaction properties and molecular structural characteristics. This research underlines the importance of the molecular docking approach in identifying bioactive compounds that can be further developed as therapies for the genetic disease anemia.
##plugins.themes.academic_pro.article.details##
References
Ahsan, F., Rahmawati, N. Y., & Alditia, F. N. (2020). Lawan Virus Corona: Studi Nutrisi untuk Kekebalan Tubuh. Airlangga University Press.
Al Ikhsan, M. F., Wardiati, W., & Aramico, B. (2023). Analisis Faktor Risiko Stres Kerja Pada Pekerja Pengolahan di Pabrik Kelapa Sawit Pt X Kabupaten Nagan Raya Tahun 2022. Jurnal Kesehatan Tambusai, 4(1), 214–219.
Amanullah, A. S. R. (2022). Mengenal Anak Berkebutuhan Khusus: Tuna Grahita, Down Syndrom Dan Autisme. ALMURTAJA: Jurnal Pendidikan Islam Anak Usia Dini, 1(1), 1–14.
Ambarwati, A., Pujiati, E., & Pramudaningsih, I. N. (2023). Peningkatan Pengetahuan Remaja Tentang Kelainan Genetik dan Cara Pencegahannya. Jurnal Pengabdian Kesehatan, 6(4), 270–278.
Aminah, S., & Yunitasari, E. (2022). Faktor-Faktor yang Berhubungan dengan Asfiksia Neonatorum pada Bayi Baru Lahir di RSUD Kabupaten Pringsewu. Journal of Current Health Sciences, 2(2), 73–80.
Basri, S. K. M. (2024). PROTEKSI LINGKUNGAN DAN PRODUK BERSIH. Rizmedia Pustaka Indonesia.
Cakrawati, R., Keb, M. T., Sumarni, S., Mid, B. M., & Sudiyono, S. E. (2024). EKSTRAK BIJI LABU KUNING (CUCURBITA MOSCHATA): Sebagai Terapi Alternatif Pendamping Tablet Tambah Darah untuk Pencegahan dan Penanganan Anemia pada Remaja Putri. PENERBIT KBM INDONESIA.
Damanik, A. S., Khairani, M., Nayla, N., Anggreniawira, P. A., & Afdan, R. K. (2024). Identifikasi Pengetahuan Siswa SMAS Teladan Medan Tentang Kelainan Genetik dan Cara Pencegahannya. Maximal Journal: Jurnal Ilmiah Bidang Sosial, Ekonomi, Budaya Dan Pendidikan, 1(5), 306–312.
Effendi, Y., & Rumah, P. P. (2020). Buku Ajar Genetika Dasar. Penerbit Pustaka Rumah C1nta.
Frimayanti, N., Lukman, A., & Nathania, L. (2021). Studi molecular docking senyawa 1, 5-benzothiazepine sebagai inhibitor dengue DEN-2 NS2B/NS3 serine protease. Chempublish Journal, 6(1), 54–62.
Indarwati, S. K. M., Agustina, N. W., Wahyuningsih, A., ST, S., Marasabessy, N. B., ST, S., Maryatun, S. K., Sri Handayani, S. K. M., Noviati Fuada, S. P., & Agustiningrum, R. (2024). KESEHATAN MASYARAKAT. CV Rey Media Grafika.
Irianti, T. T., & Pramono, S. (2022). Penuaan Dan Pencegahannya: Proses Faali Biokimiawi dan Molekuler. Ugm Press.
Islami, S., Haq, R. A., Arianto, N. N., & Sabina, D. L. (2024). Teknik Penyuntingan Gen Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-Cas9 (CRISPR-Cas9) sebagai Terapi Penyakit Genetik Bawaan: Ulasan Literatur. Medical Profession Journal of Lampung University, 14(2), 334–343.
Khairani, M., Afrianti, B., Rambe, D. R. K., Hafizhah, K. N., & Nahombang, S. Z. (2024). EFEKTIVITAS PEMBELAJARAN GENETIKA DALAM PENINGKATAN KESADARAN PENYAKIT GENETIK PADA SISWA KELAS 11 MAN 1 MEDAN. JURNAL ILMIAH NUSANTARA, 1(4), 610–617.
Khairani, M., Anggraini, A. S., Aulia, A. R., Saragih, F. E., & Khairuddin, F. (2024). ANALISIS KELAINAN GENETIK. JURNAL ILMIAH NUSANTARA, 1(4), 556–564.
Kusmiati. (2012). Kemampuan Senyawa Lutein Dari Daun Bayam (Amaranthus sp) Untuk Menetralisir Oksidan T-BHP Dalam Sel Darah. 691–697.
Laksono, S. P., Qomariyah, Q., & Purwaningsih, E. (2011). Persentase distribusi penyakit genetik dan penyakit yang dapat disebabkan oleh faktor genetik di RSUD Serang. Majalah Kesehatan Pharmamedika, 3(2), 267–271.
Monica Sari, A., Dewi, B. S., RUSITA, R., & Harianto, S. P. (2022). Upaya Konservasi Mangrove Berbasis Masyarakat (Kasus di Desa Purworejo, Kecamatan Pasir Sakti, Kabupaten Lampung Timur).
Nurbaya, S., Yusra, S., & Handayani, S. I. (2019). Cerita Anemia. Universitas Indonesia Publishing.
Pinasti, L., Nugraheni, Z., & Wiboworini, B. (2020). Potensi tempe sebagai pangan fungsional dalam meningkatkan kadar hemoglobin remaja penderita anemia. AcTion: Aceh Nutrition Journal, 5(1), 19–26.
Rahmat, P. S. (2021). Perkembangan peserta didik. Bumi Aksara.
Rena, S. R., Nurhidayah, N., & Rustan, R. (2022). Analisis Molecular Docking Senyawa Garcinia Mangostana L Sebagai Kandidat Anti SARS-CoV-2. Jurnal Fisika Unand, 11(1), 82–88. https://doi.org/10.25077/jfu.11.1.82-88.2022
Riyaldi, M. R., Fatiya, N. U., Dipadharma, R. H. F., Kusnadi, I. F., Hidayat, S., Suhandi, C., & Muchtaridi. (2022). Studi In-Silico Senyawa Pada Ekstrak Bawang Putih (Allium Sativum L.) Sebagai Inhibitor Neuraminidase Pada Influenza. Farmaka, 20(3), 1–11.
Rohmania, M. (2019). Pengaruh Pemberian Buah Juwet (Syzygium Cumini) terhadap Kadar Hemoglobin pada Mencit (Mus Musculus). Universitas Muhammadiyah Surabaya.
Sholihah, N. F. (2022). Review Artikel: Terapi Tanaman Herbal Untuk Peningkatan Kadar Hemoglobin. Jurnal Ilmiah Wahana Pendidikan, 8(19), 312–320.
Sihaloho, M., & Arfan, A. (2023). Pencarian Inhibitor DYRK2 dari Database Bahan Alam Zinc15: Analisis Farmakofor, Simulasi Docking dan Dinamika Molekuler. JSFK (Jurnal Sains Farmasi & Klinis), 10(1), 100–113.
Wijayanti, A. R., & Qomariyah, N. (2023). Pengaruh Ekstrak Daun Mengkudu (Morinda Citrifolia L.) terhadap Kadar Hemoglobin dan Histopatologi Hepar Mencit Diabetes. LenteraBio: Berkala Ilmiah Biologi, 12(1), 14–24.
Zulqifni, F., & Suandika, M. (2022). Pemberian Transfusi Darah sebagai Upaya Peningkatan Perfusi Jaringan pada Pasien Anemia. Jurnal Inovasi Penelitian, 3(5), 6151–6156.